Wist je dat je jouw PC kunt inzetten om het onderzoek naar een vaccin tegen het coronavirus te versnellen?

Ongetwijfeld heb je het meegekregen: Op dit moment is er een besmettelijke virus actief die de hele wereld op z’n kop zet. We hebben het over het coronavirus (COVID-19). Om de verspreiding tegen te gaan wordt er opgeroepen om zo weinig mogelijk contact te hebben met anderen, vaker je handen te wassen, geen handen te schudden en hoesten/niezen in de binnenkant van je elleboog.
Wetenschappers zijn druk bezig om op zoek te gaan naar een vaccin tegen dit virus, al zal het nog even duren voordat dit er is. Echter kunnen we deze wetenschappers een handje helpen door gebruik te maken van [email protected]

Dat coronavirus, wat is dat eigenlijk?

Eind 2019 verscheen er in de regio Wuhan (China) een nieuw virus. In het begin gingen er nog niet veel alarmbellen af, al veranderde dit wel in het begin/midden van januari. Het virus is voor het eerst opgedoken in China, maar sinds het begin/midden van januari begon het algemeen bekend te worden. Het is nu begin maart en in verschillende landen zijn er al personen die geïnfecteerd zijn met dit virus, of zelfs al zijn overleden. Ben je besmet, dan krijg je meestal last van koorts en luchtwegklachten.

Waarom dit virus de naam ‘Coronavirus’ heeft gekregen? Volgens het RIVM komt dat door de punten op het virus. Door deze punten lijkt het virus op een kroon. Normaliter wordt in de medische en wetenschappelijke wereld dit met een latijnse benaming aangeduid. Kroon in het Nederlands is ‘Corona’ in het Latijns. Daar is het virus naar vernoemd.

[email protected], wat is dat eigenlijk?

[email protected] is een ‘distributed computing’-project. In dit project worden meerdere PC’s met elkaar verbonden om meer te weten over eiwitten. Wat voor functie hebben ze? Hoe worden ze gevouwen? Met [email protected] wordt bestudeert hoe het misvouwen van deze eiwitten ziektes worden veroorzaakt. Naast het coronavirus (COVID-19) draagt dit netwerk ook bij aan het onderzoek tegen Alzheimer, Huntington, Chagas, Malaria, HIV, Kanker en Diabetes.

Hoe werkt dat?

Voor [email protected] heb je niet veel nodig: Je PC en een werkende internetverbinding. Is (een deel van) je PC momenteel niets aan het doen? Met [email protected] wordt dat gedeelte gedoneerd aan het Constrium. Je merkt er eigenlijk vrijwel niets van. Het programma draait op de achtergrond en verbruikt alleen de rekenkracht die jij niet gebruikt.

Klinkt goed! Hoe kan ik meehelpen?

[email protected] is heel eenvoudig in te stellen:

Stap 1: Download de client via de volgende link: https://foldingathome.org/
Stap 2: Voer de installatie uit. Je kunt op volgende blijven klikken tot de installatie is gestart.
Stap 3 (optioneel): Na installatie opent er een web browser. Je kunt kiezen om een identiteit aan te nemen, of dit volledig anoniem te doen. De keus is geheel aan jou. Je kunt hier een nickname en een team number instellen. In Nederland is er een grote groep folders aanwezig onder de naam “Dutch Power Cows”. Wil je ook deel uitmaken van deze groep, vul dan het teamnummer 92 in.

Zodra je dit hebt ingesteld kan het even duren voordat er een project beschikbaar is.

Mijn PC is oud/traag, kan ik nog wel meedoen?

Uiteraard! Elke PC die je kunt gebruiken is welkom. Ook laptops en all-in-one PC’s kun je hiervoor gebruiken. En nee, je PC is hier niet te zwak voor. Op dit moment heeft het [email protected] netwerk een rekenkracht van ~98,7 petaFLOPS. Dit is sneller dan de meeste supercomputers die er bestaan. Alleen de IBM Summit (148,6 petaFLOPS) supercomputer is sneller dan het hele [email protected]

FAQ

Ik zie de optie voor corona-onderzoeken er niet tussen staan. Wat moet ik doen?
Om te kiezen voor corona/COVID-19 projecten kun je het volgende doen:
– In webcontrol: Klik op “Any disease” in het lijstje onder “I support research fighting”
– In Advanced Control : Klik op “Configure” > “Advanced”. Kies “Any” onder het lijstje “Cause Preference”
De projecten met betrekking tot COVID-19 hebben momenteel de status top prioriteit. Je krijgt dan ook projecten die daarmee te maken hebben.

Krijg ik alleen onderzoeken met betrekking tot COVID-19?
Nee, je krijgt soms ook andere (familie)-projecten. Op het moment dat er niets beschikbaar is, zal het systeem automatisch op zoek gaan naar een ander project om dat op te pakken. Is dat klaar, dan zal het systeem weer op zoek gaan naar een nieuw project om uit te voeren. In dit geval kijkt het wel eerst in het overzicht met betrekking tot de COVID-19 projecten.

Wat heb ik precies nodig?
Voor GPU-taken heb je een videokaart nodig van Nvidia of AMD die OpenCL ondersteunt. Dit werkt op zowel Windows als Linux (voor Linux zul je ook “opencl-icd” moeten installeren).
Heb je een Intel GPU en/of een Mac? Dan kun je alleen gebruik maken van de CPU tests.

Kan er een optie toegevoegd worden dat alleen gezocht wordt naar COVID-19?
Momenteel is dit nog niet mogelijk. De ontwikkelaars geven aan dat de categorieën ‘hard-coded’ zijn. Echter zijn ze bijna klaar met een nieuwe client. Waarschijnlijk staat de categorie daar dan wel in.

Hoe weet ik of mijn PC bezig is met een COVID-19 project?
Dat kun je herkennen aan het project nummer. Op dit moment zijn de projectnummers als volgt:
CPU : 14328 – 14329 – 14530 – 14531
GPU : 11741 to 11764
(Bron: Forum van [email protected])